1995년 12월 지방교육자치에 관한 법률의 개정에 따라 설치 근거가 마련된 뒤, 이듬해 각 시·도 의회에서 학교운영위원회에 관한 조례가 제정되면서 국립 초·중등학교에서 전면적으로 실시되었다. 법률적 근거는 초·중등교육법 제31~34조에 규정되어 있다.
비공개적이고 폐쇄적인 학교 운영을 지양하고, 교육 소비자의 요구를 체계적으로 반영함으로써 개방적이고 투명한 학교를 운영할 목적으로 도입되었다. 즉 학교 운영의 자율성을 높이고, 지역의 실정과 특성에 맞는 다양한 교육을 창의적으로 실시하는 데 목적이 있다.
학교 운영과 관련된 의사결정 단계에 학부모·교원 및 지역 인사가 참여함으로써 학교 정책 결정의 민주성·합리성·효율성을 확보해 학교 교육의 목표 달성에 이바지하기 위한 집단 의사결정(심의·자문) 기구이다. 이에 따라 국·공립 및 사립 초등학교·중학교·고등학교·특수학교에서는 반드시 학교운영위원회를 구성·운영해야 한다.
학교의 교원 대표, 학부모 대표 및 지역사회 인사로 구성되며, 위원 정수는 5인 이상 15인 이내이다. 주요 기능은

• ① 학교헌장 및 학칙의 제정·개정
• ② 학교 예산·결산
• ③ 교육과정 운영 방법
• ④ 교과용 도서 및 교육자료 선정
• ⑤ 정규학습 종료 후 또는 방학 기간의 교육활동 및 수련활동
• ⑥ 초빙교원의 추천
• ⑦ 학교 운영지원비의 조성·운용·사용
• ⑧ 학교 급식
• ⑨ 대학입학 특별전형 중 학교장 추천
• ⑩ 학교 운동부의 구성·운영
• ⑪ 학교 운영에 대한 제안 및 건의 등에 관한 사항이다.

그 밖에 학교발전기금의 조성·운용·사용에 관한 사항을 심의·의결한다. 위원회의 구성·운영에 관해 필요한 사항은 국립학교와 사립학교는 대통령령으로, 공립학교는 대통령령이 정하는 범위 안에서 시·도의 조례로 정한다. 다만 사립학교의 경우 기타 사항은 정관으로 정하도록 되어 있다.